Schalotten haben ein feineres, weniger scharfes, eher süßliches und würzigeres Aroma als die meisten Speisezwiebelsorten. Zum scharfen Anbraten eignen sie sich nur bedingt, weil sie dadurch bitter und schal werden. Am besten werden sie roh verarbeitet, wodurch ihr eigentümliches Aroma am besten zur Geltung kommt. Auch die jüngeren Blätter lassen sich verwenden wie Bundzwiebeln oder Schnittlauch. Dabei kommen sie für Salate, für Essigmarinaden und an Fleisch zur Anwendung.
Der vermehrte Verzehr von Lauchgewächsen verringert das Risiko, an Magenkrebs zu erkranken. Eine weitere Wirkung ist die Entzündungshemmung durch die vorkommenden Sulfide, scharf schmeckende und schwefelhaltige Stoffe.
Schalotten enthalten außerdem Provitamin A, Vitamine B1, B2, B6, Biotin, Folsäure, Niacin, C und E.